Prvním krokem je identifikace všech možných biologických, chemických nebo fyzikálních nebezpečí, která by mohla ohrozit potravinu v každé fázi jejího zpracování. Příkladem může být riziko růstu bakterií, kontaminace čisticím prostředkem nebo výskyt úlomků skla. Jsou to místa v celém procesu, kde je možné riziko odstranit, nebo alespoň snížit na přijatelnou úroveň. Typicky jde o teplotu, pH nebo čas. Pro každý CCP je definována přesná, měřitelná hodnota, která odděluje přijatelný a nepřijatelný stav. Například teplota, při které se maso vaří, musí dosáhnout minimálně 75 °C. Je nutné průběžně monitorovat všechny kritické kontrolní body, aby bylo zajištěno, že jsou dodržovány stanovené limity. Tímto způsobem se dá včas zachytit jakákoli odchylka. V případě, že je zjištěna odchylka od kritických limitů (např. teplota poklesla pod požadovanou hodnotu), musí být jasně definováno, jaká nápravná opatření se provedou, aby se předešlo prodeji zdravotně závadného výrobku. Systém HACCP musí být pravidelně ověřován, aby se zajistilo, že skutečně funguje. Provádějí se interní audity a kontroly, které ověřují účinnost a správnost celého systém. Veškeré postupy, měření, odchylky a nápravná opatření musí být přesně dokumentovány. Tato dokumentace slouží jako důkaz, že organizace dodržuje veškeré hygienické požadavky, a je nezbytná při kontrolách ze strany Státní zemědělské a potravinářské inspekce (SZPI) nebo krajských hygienických stanic.
